基金所投资的项目除了上市与被并购实现退出，还有一种当下更为流行的退出方式，通过PE次级市场来交易所投资项目组合实现退出，目前这已被越来越广泛的机构投资者和银行家所接受。
2008年8月18日，据私募股权新闻（Private Equity News）的消息透露，高盛投资银行、瑞士信贷集团联合投资公司列克星敦投资（Lexington Partners），以及罗素投资集团（Russell Investments）旗下的磐石基金（Pantheon Ventures）宣布将共同募集史上规模最大的次级市场基金（Secondary Funds）。2007年，次级市场投资商（Secondaries Investors）科勒资本（Coller Capital）成功募集48亿美元基金创下了当时的历史纪录，今天这四家公司联合打破了这一纪录成功地募集总额为50亿美元的基金。
次级市场基金是指专门用于购买投资公司所拥有的投资组合公司的基金，这类基金投资那些他们认为价值被低估的企业，为最初的投资公司提供资金流动性。次级市场基金的特点是期限短，配备已选定的初始组合并利用杠杆效应，它具有良好的风险回报特性。一个功能完全的PE次级市场能为投资者带来了更多的灵活性。投资者可自己选择出售时刻，不受基金管理部门以及其他股东的影响，以便在有利的市场环境下提前实现盈利、减低差额上税带来的负担、满足预料之外的流动资金需求或转让财产。
今年，随着越来越多的机构投资人转向PE次级市场寻求新的退出途径，2008年有限合伙人出售其在大型并购基金中股份的销售量已经达到180亿美元，与去年同期相比大约增长了20%。与此同时从去年开始到现在，在PE次级市场中的私募股权基金总额也有了成倍的增长，根据研究机构的报告显示，全球针对次级市场的私募股权基金将达到300亿美元，相当于已募集的并购基金的四分之一。促使专注于次级市场的私募股权基金增加的主要原因是，在次贷危机中遭受重创的银行希望能够通过次级市场出售旗下的私募股权投资项目组合。
PE次级市场抢夺战
当基金的有限合伙人想退出全部或部分他们所持有的基金份额时，这种销售被称之为二次销售。这是一个简单的过程，但是大多数时候二次销售是不为公众所知的，五年前99%的二次销售交易是秘密进行的，而今天仅有80%的交易是在低调进行的。8月中旬高盛投资集团、高山投资（AlpInvest Partners）以及加拿大养老基金（Canada Pension Plan）便高调地从苏格兰皇家银行、富通集团（Fortis）和西班牙国际银行（Banco Santander） 以超过15%的折扣购得从荷兰银行（ABN AMRO Bank）剥离出的AAC投资（AAC Capital Partners）及其拥有的投资组合，交易总额约为10亿美元。高山投资次级收购团队的合伙人伍特·摩尔（Wouter Moerel）指出：“二级销售是希望能够调整资产负债表，这种交易通常比其他交易做决定的速度要快，资产净值的折扣从之前的一位数已经上升到两位数，如此合理的价钱次级市场投资商们又怎么可能错过。”
随着次级市场交易的繁荣，一些专注于这一高成长性市场的次级市场基金也随之成长起来。私募股权咨询公司坎贝尔·鲁坦斯（Campbell Lutyens）的副总裁理查德·古沙维斯（Richard Gusovius）估计目前全球银行欲出售的资产总值约为200亿美元，日渐壮大的次级市场基金定会抓住这个机会。
2008年3月，日本野村（Nomura）银行聘请次级市场投资公司绿色公园资本（Greenpark Capital）的乔·托普利（Joe Topley）为其建立次级市场买卖业务，他们相信这是一个进入次级市场的正确时点。该银行将投资5亿美元用于私募股权投资的次级市场交易，一旦该业务部门拥有完整的投资后还将引入第三方投资人，届时野村银行用于次级市场交易的管理资金将达到10亿美元。初期，该团队将专注于欧美等地价值在500万至5000万美元之间的项目。托普利表示：“目前次级交易市场中的项目越来越多，就算是没有深入的参与这些交易的人也能感受到这一健康、具有潜力的市场。”